当上海企业的营业执照正副本遗失后，办理企业注销可能会面临一些额外的挑战。然而，只要按照正确的步骤和程序进行操作，这一过程仍然是可以完成的。以下是针对这一情况的详细办理流程。

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一、登报声明

一旦发现营业执照正副本遗失，企业应立即选择一家具有影响力的报纸进行登报声明。登报声明的内容应包括企业名称、营业执照遗失的时间、地点以及声明作废的意图。这一步骤的目的是为了向社会公众公示营业执照的遗失情况，避免被他人非法利用。

二、准备相关材料

在办理企业注销前，需要准备以下相关材料：

1. 企业法定代表人或负责人的身份证明；
2. 企业公章、财务章等相关印章；
3. 企业营业执照遗失声明报纸原件；
4. 企业税务登记证、组织机构代码证等相关证照；
5. 企业注销申请表；
6. 其他可能需要的证明材料。

三、提交注销申请

将以上准备好的材料提交至企业所在地的工商行政管理部门。在提交材料时，应详细说明营业执照遗失的情况，并承诺在办理注销过程中承担相应的法律责任。工商行政管理部门将对提交的材料进行审核，如发现问题将要求企业进行补充或更正。

四、办理注销手续

工商行政管理部门审核通过后，将开始办理企业注销手续。这一过程中，企业需按照要求完成相关手续，如缴纳应缴税款、清算企业债务等。完成所有手续后，工商行政管理部门将出具企业注销证明，标志着企业正式注销。

五、注意事项

在办理企业注销过程中，企业应注意以下事项：

1. 及时登报声明营业执照遗失，避免被他人非法利用；
2. 准备材料时务必齐全、准确，确保顺利通过审核；
3. 办理注销过程中，企业应积极配合工商行政管理部门的工作，按时完成相关手续；
4. 办理完注销手续后，企业应及时通知相关合作伙伴、供应商等，告知企业已注销的情况；
5. 注销后，企业应妥善保管好相关证照和印章，避免遗失或被盗用。

总结来说，上海企业的营业执照正副本遗失后办理企业注销虽然会面临一些额外挑战，但只要按照正确的步骤和程序进行操作，并严格遵守相关法律法规和注意事项，这一过程仍然是可以顺利完成的。希望以上内容能对您有所帮助。